大多數(shù)情況下母豬便秘與腸道的微生態(tài)系統(tǒng)失衡有關(guān)，一般來說，腸道微生物和腸上皮細胞等生物成分與食源性非生物成分(未被消化的食物)以及來自胃、腸、胰、肝臟的分泌物(如激素、酶、黏液、膽鹽等)共同構(gòu)成了腸道微生態(tài)系統(tǒng)。宿主與微生物在長期的協(xié)同進化過程中，通過適應(yīng)與選擇，形成了相互依賴、相互制約的動力學(xué)關(guān)系，共同保障該系統(tǒng)最大限度地從有限的食物中獲得最大的營養(yǎng)價值,維護系統(tǒng)的長期穩(wěn)定與動態(tài)平衡。腸道內(nèi)的正常菌群，如乳酸菌、雙歧桿菌、大腸桿菌等作為原籍菌，以相對恒定的比例生活在腸道特定的區(qū)域內(nèi)，通過自身的代謝過程，影響著環(huán)境中的各種因子，從而維持并調(diào)節(jié)腸道的微生態(tài)平衡。正常腸道微生物通過本身所擁有的一些成分，如肽聚糖、菌多糖、磷壁酸等，促使免疫反應(yīng)發(fā)生, 提高機體的抵抗力, 還有一些微生物產(chǎn)生特殊的蛋白質(zhì)和酶，構(gòu)成幫助宿主消化吸收的功能體系。黏膜表面的黏液素既是腸上皮的一道屏障, 又是腸道微生物生長的能量來源，它促使腸道原籍菌黏附定植于腸道黏膜，同時減少病原菌的入侵。腸道微生物系統(tǒng)的這種平衡狀態(tài)是實現(xiàn)正常生理功能不可缺少的穩(wěn)定系統(tǒng)。
正常微生物群落決定宿主的許多生物過程, 因此, 菌群失調(diào)可以引起多種疾病, 便秘就是其中一種。患豬的腸道菌群普遍存在失調(diào)現(xiàn)象, 主要表現(xiàn)為雙歧桿菌等有益菌數(shù)量減少，大腸桿菌和梭菌等條件致病菌數(shù)量增加。
低聚木糖可直接作為有益菌的碳源而促使其增殖，也可能直接刺激有益菌而發(fā)揮功效。雙歧桿菌通過自身及產(chǎn)生的代謝產(chǎn)物排斥致病菌，在腸道中保持菌種優(yōu)勢，并與其他菌群相互作用，以保證腸道菌群最佳組合，維持腸道功能的平衡。
