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1、對(duì)動(dòng)物和人健康的危害。很多消毒劑都有刺激性，例如甲醛、過氧乙酸、含氯消毒劑等。有的刺激眼睛，引起流淚、水腫；有的刺激呼吸道，引起打噴嚏、咳嗽、氣管和喉頭水腫；有的引起皮疹或使動(dòng)物煩躁不安等。
2、成為某些疾病的幫兇。豬的呼吸系統(tǒng)和消化系統(tǒng)是與外界相通的，我們?cè)趯?duì)飲水消毒的時(shí)候，就是在對(duì)豬的消化系統(tǒng)黏膜進(jìn)行破壞，對(duì)豬的消化吸收功能影響很大，甚至?xí)T發(fā)腸道疾病。當(dāng)我們做帶豬消毒時(shí)，霧化的消毒液可對(duì)呼吸系統(tǒng)黏膜造成傷害，可能導(dǎo)致豬的第一道天然防御屏障被破壞，從而使得致病菌能夠長(zhǎng)驅(qū)直入，侵害豬的呼吸系統(tǒng)。同時(shí)，消毒工作的本身對(duì)豬也是一種應(yīng)激。
3、損傷器具。很多消毒劑腐蝕性都是很強(qiáng)的，如石灰水、苛性鈉、過氧乙酸等，對(duì)金屬圍欄、金屬飼槽等有很強(qiáng)的腐蝕性。被腐蝕的器具很容易污染和存留細(xì)菌、病毒，如破傷風(fēng)桿菌等。
4、降低環(huán)境的自凈能力。在頻繁和不規(guī)范的消毒情況下，有益微生物也被殺滅，而一些耐藥微生物會(huì)更加猖獗，并大量的繁殖并擴(kuò)散，對(duì)人類和動(dòng)物生產(chǎn)造成更嚴(yán)重的危害。
5、導(dǎo)致病原微生物抗逆性增強(qiáng)。長(zhǎng)期大量的使用消毒劑，會(huì)使消毒效果明顯降低，甚至完全失效。例如，在污水中已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了含有抗甲醛的綠膿桿菌、腸球菌和傷寒桿菌，對(duì)季銨鹽類產(chǎn)生耐受性的葡萄球菌、白色念珠菌。
6、可能引起生物變異。消毒劑的長(zhǎng)期大量使用，會(huì)促使生物遺傳物質(zhì)發(fā)生突變，這種突變是很細(xì)微的，但經(jīng)過數(shù)代甚至多代以后，量變引起質(zhì)變，可能出現(xiàn)新的有害變種
